A solução para este problema é usar o "refresh". Encontrei duas formas para isso, a primeira funciona apenas com o TopLink:
A ideia é mandar o dar um refresh na hra da consulta, para isso existe o método setHint da classe Query, onde podem ser passados diversos parâmetros para a consulta, um deles é o refresh, que fica assim:
Query query = em.createQuery(consulta).setHi
outro jeito possível de se fazer eh mandar um refresh no EntityManager, esse funciona tanto para TopLink quanto para Hibernate:
em.refresh();
mas fica mto lento, leva quase o mesmo tempo da hora de inicializar o EntityManager.
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